脈沖噴吹袋式除塵器清灰方式有兩種，分別是在線清灰和離線清灰。兩種清灰方式主要區別在設備運行設計不同。

在線清灰是指在進行脈沖噴吹時，濾袋仍然進行含塵氣體過濾。噴吹系統需要采用比較高的噴吹氣流阻擋過濾煙氣，同時用瞬間的脈沖振蕩使濾袋上的塵層剝落進入灰斗。在線清灰除塵器內部是一個大空間靜態氣室，氣流分布比較均勻，使濾料所承受的過濾負荷變化不太大，這樣可以延長濾袋使用壽命。